儿子和妈生的孩子做亲子鉴定可以吗?

当然可以，本来就是母亲生的，有的是孩子失散多年相认需要做这个，还有就是为了报户口，一般有的是特殊情况下父亲有要求做亲子鉴定

亲子鉴定是和父亲还是和母亲做?

都可以。亲子鉴定是父亲,母亲都可以做的,亲子鉴定80%以上是只和父亲做的,20%和母亲做,父母子三人做亲子鉴定为三联体亲子鉴定,父子或母子亲子鉴定为二联体亲子鉴定,二联体亲子鉴定一般存在单亲风险。