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1368年（洪武元年），朱元璋建立明朝，元顺帝弃大都退据漠北。元朝虽亡，但仍保有相当的军事力量，与明朝长期处于对峙状态，明朝设立“九边”以防御蒙古。而青海因其处于“南捍诸番，北拒蒙古”的特定地理位置，在军政建置上大都成为管军管民的军民卫所，明朝在藏族地区也推行卫所制度，遂有所谓“西番诸卫”。又继承元朝“因俗而治”的传统，采取“因其俗尚，用僧徒化导”的政策，充分利用藏传佛教势力来加强对藏族地区的统治。
第一节 明朝“西番诸卫”的建立
明朝将甘青藏族称为“西番”，对其管理基本上沿袭元代的制度，又将其官职纳入地方行政系统的体制之内，因而进一步加强了中央集权统治。
一、明代青海藏族部落
明代青海藏族部落及其分布较为复杂，按明朝“西番诸卫”辖区看，当时青海黄河以南由河州卫管辖，黄河以北主要由西宁卫管辖。现根据《明史》、《明实录》等的记载，将上述两个卫所属的在今青海境内的藏族部落分述如下：
河州卫属68族，其中分布在青海的主要有：1.必里族。永乐九年十月，“镇守河州卫都指挥刘昭言：河州归德千户所，去卫七百余里，东距川卜千户所，西距必里卫番族，南距朵土川藏，北距黄河罕东卫界。”2.黑章咂族。永乐二十二年十一月，“陕西必里等卫禅师罗卓星吉等及黑章咂族剌麻失加等贡马，赐之钞币。”3.捏纳卜咂族。宣德元年十一月，“命镇守西宁都督佥事史昭等捕贼。初，陕西行都司指挥佥事康寿奏，其家属居捏纳卜咂族，被番贼劫杀。敕昭与土官都督李英追理。昭等言："此贼乃西宁、河州必力卫所管西番两族，其党甚众，请用兵捕之。’”4.双奔族。正统元年十月，“陕西河州卫奏：属番双奔族为思朵藏及川藏二族杀伤人口，劫掠财畜。上命镇守河州指挥佥事刘震遣人赍敕抚治之”。5.阿尔官族。正统七年正月，“敕镇守陕西都督同知郑铭、右佥都御史王翱及陕西都、布、按三司：近得镇守河州都指挥刘永奏，往岁冬，阿尔官等六族番人三千余列营归德城下，声云交易，后却抄掠屯军，杀伤番民，夺其居室，夺其什器。其着亦咂族番人又累于暖泉亭外潜为寇盗。”6.果吉族。景泰四年正月，“镇守河州都指挥同知蒋斌奏：欲将果吉族移往黄河迤南莽剌等处旧地，恐因而激变，宜仍存留黄河迤北住牧，令河州必力卫管束。善加抚恤，密切防闲。不许擅去西宁等处抢掠头畜。如违，该管头目一体治罪从之。”7.挫哈族。万历三十二年十二月，“先是，陕西河州境外属番挫哈、郎家二族构衅仇杀，因而率众截路抢夺公差。保堡防御夏光裕差通官王廷仪、归德守备宋希尧千总宋载功讲谕不服，声言抢掠”。8.弘化族、灵藏族。隆庆二年三月，“先是，正月中虏三千余骑驻红城子、石棚沟等处，由庄浪飞石崖入犯西宁、河州界，掠熟番灵藏、宗剌等族”。
西宁卫属178族，因西宁卫在青海境，则其所属178族皆是青海藏族部落，主要有川藏族、炒团族、把沙族（巴沙族）、隆奔族、申藏族、昂藏族、巴哇族、嘉儿即族（加尔即族）、申中族（申冲族、辛迥族）、革咂族（哈咂族）、西纳族（斯纳族）、果迷卜咂族（果迷十族、思果迷族）、章咂族（占咂族）、隆卜族（陇逋族）、密罗族、阿吉族、革巴族、念剉族、昝匝族等。明代西宁周边藏族部落又有所谓“十三族”之称，并有“生番”与“熟番”之别，如《秦边纪略》所载：西宁“附近番子，有明，岁时纳茶马者，谓之熟番。其散出山外，易有无于熟番者，谓之生番。有十三族，皆熟番也：曰申藏、曰章咂，曰隆奔、曰巴沙、曰革咂、曰申中，曰隆卜、曰西纳、曰果迷卜咂、曰阿齐，曰嘉尔即、曰巴哇、曰即尔嘉，皆羌也。先零、罕幵之遗种也。十三族谓之十三大族，其后小族甚多，如剌卜族、红帽族之类，不可甚计。”《西宁府新志》卷十九载，明万历中西宁有二十五族。
之外，果洛、玉树、环湖等地分布着清代所谓的“三果洛”、“玉树四十族”和“环湖八族”等部落，因史料缺乏，其在明代的情况难以确知。
二、明朝推行卫所制度与“西番诸卫”的设立
1369年（洪武二年）二月，徐达率明军西渡黄河，向西北进军，先后攻占西安、凤翔、临洮等。十月，扩廓帖木儿自甘肃引兵进袭兰州。为了彻底消除后患，1370年（洪武三年）正月，徐达与扩廓帖木儿决战，在兰州东沈儿峪口大败扩廓帖木儿，扩廓帖木儿仅与妻子等数人向北逃往和林。经过此次军事打击，“故元遗兵”被迫从应昌、定西一线北撤，明朝北边的局势暂时稳定下来。随后，明朝遣使至西番宣谕明太祖诏旨，又派陕西行省员外郎许允德至河州，劝谕各部首领、官员归附明朝，进京朝贺。1370年（洪武三年），明将邓愈自临洮进兵，攻克河州，世居河州故元吐蕃等处宣慰使何琐南普等请求归降。明朝以何琐南普为河州卫指挥同知，朵儿只、汪家奴为指挥佥事，下属千户所八，百户所七，汉藏军民百户所二。至此，明朝的统治遂伸入到青海东部藏族地区。随后，明朝根据甘青藏族（西番）的地域和民族特点，采取了不同的统治模式，对于靠近农业区的西番诸卫以流官为主，由土官辅佐；而对牧业区的关西七卫和朵甘都司则由土司自治。这是对元朝在西北地区农牧分治政策的继承和发展。
随着甘青地区故元官吏和少数民族首领相继归顺明朝，为了实现“北拒蒙古，南捍诸番”的战略，明朝对故元官吏和土官采取“多授原官”的措施。同时，围绕国防建设，在西北地区建立了严密的军事防御体系，推行“耕战一体”的卫所制度，通过“移民实边”，加强对甘青地区的统治。“卫所制度是在总结历代边疆行政管理制度与兵制的基础上产生的，是军事制度与地方行政管理制度在地理上相结合的产物。”它是一种军管型政区。其管理体制大致为五军都督府—都指挥使司（行都指挥使司）—卫（守御千户所）—千户所。尤其值得注意的是，明代“卫所不仅仅是军事编制单位，在绝大多数情况下它还是一种地理单位，管辖一块不属于行政系统的土地。例如在辽东都司、陕西行都司、四川行都司以及宁夏等广大地区，明代不设府、州、县，而是直接由都司卫所负责管理当地的田土和人民”。
卫所制度和屯田相结合，“且战且耕，既巩固了国防，又解决了军粮，减轻了国家和人民的负担。卫所强固，则边疆稳定。反之屯田破坏，卫所衰败，则边疆动荡”。在“以夷制夷”思想指导下，一方面封其首领治理其部，另一方面在东西两翼筑起屏藩，以防蒙古鞑靼和瓦剌南下。
史称：“明以武功定天下，革元旧制，自京师达于郡县，皆立卫所，外统之都司，内统于五军都督府。”根据五军都督府编制，甘青川滇等地归右军都督府。明朝在全国设置21个都指挥使司（简称“都司”），而在陕西、四川等省又增设行都指挥使司（简称“行都司”）。行都司的治所与都司不在同一地，其目的在于加强对当地少数民族聚居地区的军事控制。其中，陕西行都司下辖卫十二、守御千户所四。其中被称为“西番诸卫”的河州卫、洮州卫、岷州卫、西宁卫等所辖的河湟地区，当时被视为“西番门户”、“华夷之枢纽”，在明朝经略整个藏族地区的大局中具有特殊重要的地位。
洪武初，明朝还建立了羁縻性的都司卫所，如朵甘都指挥使司、西番诸卫（河州卫、洮州卫、岷州卫、西宁卫、庄浪卫等）、关西七卫（安定、阿端、曲先、罕东、罕东左、沙州、赤斤蒙古）等。西番诸卫中，最早设立的是河州卫和西宁卫。1371年（洪武四年）正月，建立河州卫指挥使司，以韦正为指挥使，同时任命归降的故元吐蕃宣慰使何琐南普为指挥同知，朵儿只、汪家奴为佥事，并允其世袭。其他归顺的大小首领亦授予相应的千户、百户等世官，与朝廷派出的命官（流官）共同治理地方，由此开创了西番诸卫土流参设的模式。1373年（洪武六年），置西宁卫，以故元甘肃行省右丞朵儿只失结、西宁州同知李南哥为指挥佥事，其他大小首领也分别授予千户、百户之职，亦允其世袭。西宁卫辖境东与河州卫、庄浪卫（治今永登）接，西至柴达木盆地与罕东、安定、曲先、阿端等“塞外四卫”相邻，负责管辖青海湖周围藏族和湟水流域及“塞外四卫”诸番。之后，鉴于河州卫、西宁卫辖境过大，“种族最多”等情况，又分割二卫，增置卫所，先后升河州卫岷州千户所为岷州卫、分西宁卫置碾伯卫指挥使司、升洮州千户所为洮州卫，以指挥聂纬、陈晖等领兵镇守。“岷州、洮州、碾伯等卫设置后，卫所密度加大，驻兵增多，改变了过分依赖土官统治的局面，明廷对西番诸族的统治渐趋稳定。”
而这些羁縻性的都司卫所头领，多是洪武、永乐年间归附明朝的故元蒙古、西番等族首领，明朝封他们为都督、都指挥、指挥、千户、百户、镇抚等官衔，赐给敕书印信，令他们世代统领其属部，与处于中央政权直接控制下的都司卫所有着不同的性质。此外，有的地区卫所制度中还设立一种特种编制——守御千户所，不隶于卫而直属都指挥使司或行都指挥使司。这些军事卫所、羁縻卫所辅以屯田，由临边诸都司、行都司管辖。与内陆卫所不同的是，这些边疆卫所有管军、领土、治民的权力，即具有军政合一的性质。
据《明史》载，实行土司制度，“其道在于羁縻”，“其要在于抚绥得人，恩威兼济，则得其死力而不足为患。”根据学者研究统计，明朝陕西行省设有146个土司，其中，土指挥使8个，土指挥同知10个，土指挥佥事12个，土千户28个，土百户86个。而且，这些土司皆为武职，“主要是安置于少数民族地区的襟要之地或国家屏障地方的卫所里的土司”。“在陕西西陲通衢河湟地区，设置有临洮、河州、岷州、庄浪四卫，在临洮卫里安置有土指挥同知一，河州卫里安置有土指挥使一、土指挥同知一、土指挥佥事一、土千户二，岷州卫里安置有土指挥使二、土指挥同知二、土副千户一、土百户三，洮州卫里安置有土指挥佥事二、土百户一，庄浪卫里安置有土指挥使三、土指挥同知二、土指挥佥事二、土千户二、土副千户一、土百户三。”《明史》载：“天下既定，度要害地，系一郡者设所，连郡者设卫。”《续通志》载，明土官武职，又有“番部都指挥使司、卫指挥使司、万户府、千户所，皆因其俗，以附寨番人官其地，羁縻之而已”。可见，明朝在民族地区设立的卫所中以“附寨番人”为官，对其属地实行羁縻统治。当时地处陕西西陲的甘青河湟地区有“西番门户”之称，明朝在此设立临洮卫，任命当地蒙古人赵安为土指挥同知；设立河州卫，任命当地藏族头领韩哈麻为世袭指挥使；设立岷州卫，任命当地藏族头领后安为指挥同知。之外，明朝在藏族地区还封授一批僧职土司，如岷州卫的宏济光教国师后录竹坚措、都纲领占伦布，洮州卫的垂巴寺僧纲阿旺老布藏、着洛寺僧纲杨永录、园成寺僧正侯显等。从史籍记载来看，西番诸卫安插的故元土官数量相当大，如《循化志》记载中所谓“二十四关土司”。
这些卫所土司从指挥使至百户长皆有品级，为叙述明了，现根据《明史·职官志》列表如下：
明朝土司的隶属关系前后有所变化，据《明会典》载：“土官承袭，原俱属验封司掌行。洪武末年，以宣慰、宣抚、安抚、长官等官，皆领土兵，改隶兵部；其余守土者，仍隶验封司。”除了任职于卫所的土司外，明朝对河湟地区藏族首领还采取“因其习俗，分其族属，官其渠魁”的政策。“其诸豪有力者，或指挥、千户、百户，各授有差。”这些按其地位高低，被授予卫所系列的指挥、千户、百户等职衔，代表明朝统治其属民。但他们在当时一般被称为“某某族土官”，而不称为某某卫土官，其主要区别在于：任职于卫所的土官具有军官身份，而各部落中的土官则不具有军官身份。
由上可见，“西番诸卫”的建立过程即是明朝逐步在青海藏族地区建立政治、军事统治的过程。同时，明王朝通过实行卫所制度，把中原汉文化带到青海“西番”社会，卫所及其属下的一个个屯寨，犹如一个个汉文化传播的据点，嵌入到番地，由此形成番汉杂居的民族分布格局。
第二节 明朝“多封众建”政策与僧官制度的推行
明朝在藏族地区创立卫所制度之同时，又根据藏族笃信藏传佛教的特点和教派众多的实际情况，采取“多封众建，尚用僧徒”的怀柔政策，封授了一批从法王到禅师的僧官，由朝廷颁给印信诰敕，确定其等级、地位，使其“率修善道，阴助王化”，“尊朝廷之法，抚安一方”。这一政策使其固有的政教合一制度，进一步纳入明朝中央集权统治之下。
一、明初藏族地区僧司机构的创设及在藏族地区的推行
明初，朱元璋针对当时佛教僧团内部弊端丛生，僧徒素质低劣的现象，诏令整饬佛教，强化僧官制度。1382年（洪武十五年）四月，明朝在中央设置僧录司以总天下佛教，“设官不给俸，隶礼部”。“府僧纲司，都纲一人，从九品；副都纲一人。州僧正司，僧正一人。县僧会司，僧会一人。”各州县“僧正司、道正司、僧会司、道会司，俱未入流，铜条记，阔一寸三分，长二寸五分，厚二分一厘”。明朝僧官制度的建立和严密化，是朱元璋加强中央集权诸多政策中的一项重要措施，也是明初中央集权政治发展的必然产物。与此同时，明朝将僧官制度和僧司机构从内陆州府推行到青海、西藏等边疆地区，从汉传佛教推行到藏传佛教中，自成一个独立的体系，以此作为中央管辖藏传佛教的重要渠道，加强藏族地区与内陆的联系。
明朝将原属于汉传佛教中的僧纲司体制移植到藏传佛教地区，而首先接受这种移植的是当时的河州、西宁二卫。1389年（洪武二十二年）八月，祠部和僧录司按照明太祖谕旨，从陕西布政司选拔十名汉番僧人，考试后携带礼部颁给的札符和僧录司文牒，前往河湟地区筹建僧司机构。[插图]1393年（洪武二十六年）三月，“立西宁僧纲司，以僧三剌为都纲。河州卫汉僧纲司，以故元国师魏失剌监藏为都纲；河州卫番僧纲司，以僧（端）月监藏为都纲。盖西番崇尚浮图，故立之，俾主其教，以绥来远人。复赐以符曰："自古帝王致治，无间远迩，设官以理庶务。稽诸典礼，复有僧官以掌其教者，非徒为僧荣也，欲其率修善道，阴助王化。非真诚、寡欲、澹泊、自守者，奚足以任斯职？今设僧纲司，授尔等以官，给尔符契。其体朕之心，广佛功德，化人为善，钦哉。’”据《明史》载：“初，西宁番僧三剌为书招降罕东诸部，又建佛刹于碾白南川，以居其众，至是来朝贡马，请敕护持，赐寺额。帝从所请，赐额曰瞿昙寺。立西宁僧纲司，以三剌为都纲。又立河州番、汉二僧纲司，并以番僧为之，纪以符契。自是其徒争建寺，帝辄赐以嘉名，且赐敕护持。番僧来者日众。永乐时，诸卫僧戒行精勤者，多授剌麻、禅师、灌顶国师之号，有加至大国师、西天佛子者，悉给以印诰，许之世袭，且令岁一朝贡，由是诸僧及诸卫土官辐辏京师。其它族种，如西宁十三族、岷州十八族、洮州十八族之属，大者数千人，少者数百，亦许岁一奉贡，优以宴赉。西番之势益分，其力益弱，西陲之患亦益寡。”显然，明朝在西宁等地建立僧司乃是“欲其率修善道，阴助王化”，并且使“西番之势益分，其力益弱”，最终实现“分而治之”的政治目的。
随着明朝在西番诸卫设立僧纲司，一大批番僧相继授予剌麻（喇嘛）、禅师、灌顶国师、大国师、西天佛子等名号，并“悉给以印诰，许之世袭”，成为明朝统治“西番诸族”的僧职土司。据清代理藩院追溯统计，明代在庄浪、河州、岷州、洮州、西宁诸卫境内，先后设有番僧僧纲司19所，僧正司3所。他们为了提高其宗教地位和扩大势力，遂争相建寺，辐辏京师，争取明朝统治者的政治、经济支持。由于明朝对这些藏传佛教僧官在政治、经济等方面的大力支持，使其成为明朝统治边疆的地方代表，政治地位和社会影响空前提高，有的番僧地位显赫，权倾一时，如当时任僧录司左觉义的西宁番僧张答里麻。瞿昙寺、宁番寺、夏琼寺、隆务寺、西纳寺等一批番寺及其政教合一统治正是在这种背景下相继建立和发展起来的。这些寺院的大国师、国师、禅师、都纲、喇嘛等僧职实际上就是部落头人，他们以国师、禅师等名号直接行使治民之权，甚至奉调领兵出征。由此形成“国师、禅师管理族民如土司之例”的历史现象。而且，随着藏传佛教势力的发展，许多寺院和活佛往往凌驾于世俗土司之上，正如果洛地区藏族谚语所说的那样：“山顶之上是日月，土官之上是活佛。”
明初洪武时期建立的卫所制度、僧官制度及与之相配套的茶马制度等治藏政策，总体上是积极的、可行的。在较短时期内便使藏族地区的故元僧俗首领大都归顺明朝，并接受明朝封授的印信、敕令和官爵，使明朝较顺利地完成了在整个藏族地区的建政，从而很快确立并加强了对藏族地区的统治。但是，由于这一时期所采取的“来者皆授官”的政策，使藏族地区僧俗首领的封授具有一定的权宜性和盲目性，因而难免存在一些缺憾。“从数量上看，在明朝对西藏僧俗首领分封的俗官与僧号两大系统中，基本上是以俗官为主而以僧官为辅。这反映出明初的统治者基本上沿用汉地的施政模式来管理藏族地区，强调的是藏族地区对中央的政治隶属关系，未给予藏地宗教界起码是与俗界同等的重视。显然这不符合藏地实际，也不利于明朝对藏族地区的施政。此外，从官职品级上讲，洪武年间，明朝封授藏地佛界首领的封号等级普遍较低，最高仅为"大国师’和"灌顶国师’。正因为如此，永乐时期对治藏政策进行了大幅度的调整、完善。”
二、明朝藏族地区僧官制度的调整与完善
从永乐开始，随着明成祖对“多封众建”政策进一步调整，明朝在藏族地区推行的僧官制度也得以完善。
史载：“初，太祖招徕番僧，本借以化愚俗，弭边患，授国师、大国师者不过四五人。至成祖兼崇其教，自阐化等五王及二法王外，授西天佛子者二，灌顶大国师者九，灌顶国师者十有八，其它禅师、僧官不可悉数。”明成祖时，“僧官分教王、西天佛子、大国师、国师、禅师、都纲、喇嘛等，每一级都按受封者的身份、地位进行分封。这就表明明朝治藏政策由招谕政策转向建立僧王为首的僧官制度，突破了元朝在西藏只封帝师和本钦，不封教王的缺陷，开创了中央王朝在西藏施政的新格局”。
明成祖即位后，便多次派遣内陆僧人、中官持节入藏，迎请藏传佛教各派高僧入京受封，其时“多封众建”政策中最为核心的内容就是封授西番“八大教王”，即“三大法王”和“五教王”。其中“三大法王”分别为噶玛噶举派、萨迦派和格鲁派的领袖；“五教王”则是五个区域性政教合一首领。从封授时间上看，“三大法王”与“五教王”的封授基本上是同步施行的。由此可见，明朝中央政府经过朱元璋开国30多年来对藏族地区的政教情况和文化特点都有了更深入的了解，到明成祖时，治藏政策的构思设计更为周到，进一步调整、完善了“多封众建”政策，将法王、教王等不同品级的尊号分别授予几大教派的首领或代表人物。从而，明朝构建起两套管理系统对藏族地区进行管理，“行都司（卫所）的设置旨在行政管理上与明朝整个边疆行政管理体制相统一，教王、法王的封授则是从西藏地方特殊的政治格局出发，尚用僧徒，因俗而治。”而且明朝改变元朝只推崇萨迦一派的做法，对藏传佛教各个教派的领袖人物都赐加封号，“法王、西天佛子、诸王、大国师、国师等，奉明廷的敕命，行使地方职权，管理所属世官，"忠修职贡’，"管理人民’。也就是说，让他们执行政教合一的职能。”从而推动明朝中央与藏族地区政治关系的更全面的发展。
1406年（永乐四年）三月，明朝“遣使赍诏封乌思藏帕木竹巴吉剌思巴监藏巴里藏卜（即札巴坚赞）为灌顶国师阐化王，赐螭纽玉印、诰命”。札巴坚赞被封为“灌顶国师阐化王”，是明朝在藏族地区册封政教首领为王的开端，“表明明成祖此时已洞察到西藏地方"政教合一’的特殊性，所以在灌顶国师宗教名号之外，又加封为"王’，将宗教名号与世俗爵位合二为一，全面确认帕竹首领"政教合一’的领袖地位”。同月，又“遣使命灵藏着思巴儿监藏为灵藏灌顶国师”。翌年又加封灵藏灌顶国师为赞善王，赐金印、诰命，册封形式与阐化王相同。同时，又设立庄浪卫僧纲司。至此，明朝在今甘青河湟藏族地区先后设立了西宁卫僧纲司，河州卫番僧纲司、汉僧纲司和庄浪卫僧纲司四个僧纲司，使明朝对这一地区藏传佛教的管理得到进一步加强。
明朝在册封阐化王、赞善王等“五教王”的同时，又先后册封了“三大法王”。在三大法王中，大宝法王封授最早，礼遇最隆，地位最高，其所属的噶玛噶举派虽然没有形成萨迦、帕竹噶举等教派那样的政教合一统治区域，但该派以其特有的活佛转世方式，建立起一个庞大的寺院集团势力，其领袖人物以周游各地、传法收徒、调停争端、结交地方势力等各种方式来不断扩大自己教派的影响和实力，从而成为明廷治理藏族地区不容忽视的一大政教力量。因而，明成祖于1407年（永乐五年）三月，首先“封尚师哈里麻为万行具足十方最胜圆觉妙智慧善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛，领天下释教。赐印诰及金、银、钞、彩币、织金珠袈裟、金银器、鞍马。命其徒孛隆逋瓦桑儿加领真为灌顶圆修净慧大国师，高日瓦禅伯为灌顶通悟弘济大国师，果栾罗葛罗监藏巴里藏卜为灌顶弘智净戒大国师，赐印诰、银钞、彩币”。1413年（永乐十一年）五月，封萨迦派昆泽思巴（贡噶扎西）为“万行圆融妙法最胜真如慧智弘慈广济护国宣教正觉大乘法王西天上善金刚普应大光明佛，领天下释教。赐诰、印并袈裟、幡幢、鞍马、伞盖、法器等物”。明朝在召请册封噶玛噶举、萨迦派领袖的同时，也多次遣使至前藏迎请新兴的格鲁派创始人宗喀巴大师进京。宗喀巴大师由于忙于筹备拉萨传召大法会等事务，无法分身，因而派其上首弟子释迦也失赴京，受到明廷优礼。1415年（永乐十三年）四月，封释迦也失为“妙觉圆通慧慈普应辅国显教灌顶弘善西天佛子大国师，赐之诰命”。1426年（宣德元年），明宣宗继位即派遣礼部尚书胡氵荧等进藏召请释迦也失入京。释迦也失虽已年逾古稀，仍不畏道路艰险，毅然进京觐见皇帝，在京讲经传法，还曾到青海、甘肃等地建寺弘法。1434年（宣德九年）六月，明宣宗遣成国公朱勇、礼部尚书胡氵荧持节封释迦也失为“万行妙明真如上胜清净般若弘照普应辅国显教至善大慈法王西天正觉如来自在大圆通佛”。大慈法王成为明朝与格鲁派联系的关键人物。他以明朝所赐财物，扩建甘丹寺，并修建色拉寺。他在青海建立的弘化、灵藏两寺，是格鲁派在安多地区最早建立的地区性政教合一统治之一，其所属弘化、灵藏两族为明朝河州卫“中马番族”。
明朝在藏族地区推行的僧官制度，始于明初，完善于明中期。僧官等级在洪武年间最高封为国师；永乐年间，国师以上又增封大国师、西天佛子、法王。正统初年定为：法王、西天佛子、大国师、国师、禅师、都纲、喇嘛。成化年间都纲下又增设觉义、讲经、喇嘛。各级僧职可逐级晋升，亦可越级升迁，之外因特殊缘故僧职也有被罢黜、降级之事。僧官的升迁、罢黜均由朝廷掌管。各级僧职，一经封授，便可传承袭替，但必须经过朝廷的审查与监督。承袭时，由袭职者自己或遣人到朝廷缴回上一世所领勘合印信作为“左验”，然后再由朝廷颁给新的授职诰敕。所颁诰敕，明朝礼部立文簿逐一登记，以备查对，作为明朝管理世官的凭证。可见，“僧官制度绝非仅是一种宗教管理方面的制度，就其本质而言，是一种"尚用僧徒’的官僧制度。明朝中央在封授僧官时就曾明令他们"协助头目，抚治人民’。僧官制度的推行旨在维护世俗的统治，以加强中央政权对西藏地方的统辖，实为行政管理制度的有力补充。”
第三节 明代青海藏族经济社会发展
随着都司卫所制度和僧官制度的推行及茶马贸易的兴盛，明代青海藏族经济社会得到较快发展。特别是明朝政府十分重视与“纳马番族”的茶马贸易制度的建设，使明代茶马贸易盛极一时，且从未中断，客观上极大地促进了藏汉民族之间经济、文化上的交流。
一、明朝官营茶马贸易体制与金牌信符制的推行
自唐宋以来，茶叶渐渐成为藏族人民日常生活中不可或缺的饮食必需品，随之，茶马互市日益成为中央王朝与藏族地方经济交流的最重要的渠道和维系政治关系的牢固纽带。“番人嗜奶酪，不得茶，则困以病。故唐宋以来，行以茶易马法，用制羌戎，而明制尤密。”
明朝建立之初，即对茶政、马政予以高度重视。明初，马匹成为防御蒙古的重要军事物资。朱元璋即令“以蜀茶易番马资军中用”。除军事需要外，明朝统治者还认识到茶马贸易“实以系番夷归向之心”，因而建立了一套严密的官营茶马贸易体制。“明代高度垄断的官营茶马贸易体制形成于洪武、永乐时期，一直延续到明中叶。此后虽经改革，使垄断程度有所降低，而茶马贸易的封建官营，终明一代一直都存在。明廷在"以茶驭番’方针指导下，从茶叶的产销管理到马匹的交易管理都形成了一套较为严密的管理体制。”金牌信符制则是明代官营茶马贸易达到高度垄断的重要标志。
明朝沿用唐宋榷茶之法，对茶进行专卖，在内陆推行茶引法，而在青、甘、川等“西番诸卫”地区则实行榷茶制度，将其作为用以实现对藏族统治的经济杠杆。政府为了垄断茶马贸易，对茶禁政策执行极严，对茶叶走私者处置极重。明太祖朱元璋颁令：“私茶出境者，斩。关隘不觉者处以极刑。”之外，“小园茶主将茶卖与无引由客兴贩者，初犯笞三十，仍追原价没官，再犯笞五十；三犯杖八十，倍追原价没官”。同时，对茶商通番私贩行为也予以严厉禁止，“无由引及茶引相离者，人得告捕。置茶局批验所，称较茶引不相当，即为私茶。凡贩私茶者，与私盐同罪”。“伪造茶引者，处死，籍没田房家产，告捉人赏银二十两。”由于明初对走私惩罚极严，政府的茶叶专卖制度得以健康运行，茶马贸易因此取得了较好的效果，政府每年“用茶五十万斤，获马万三千八百匹”。
明朝茶法有三：“曰商茶、曰官茶、曰贡茶。商茶输课给引略如盐制，官茶贮边易马若征课钞，贡茶则上供同也。”其中，官茶是国家从各产茶区征收来的茶叶，运到边疆贮存，专门用于“以茶易马”。“由于明初茶叶在与边疆民族的贸易中占有重要地位，政府亲自参与边疆的茶马贸易，因而产生了不同于唐宋时期的茶法，出现了官茶、商茶之说。商茶并非是私茶，商茶与官茶一样都是为了贮边贸马、巩固边防。实行商茶，是为了利用商人这一民间力量来加强政府对茶叶流通的垄断经营。明代茶法的中心环节是茶马贸易，加强对西北茶马贸易的控制是明茶法政策的根本所在，所以明代茶法的制定、实行均围绕这一目的而展开。”为了确保榷茶制度和茶马贸易顺利进行，明朝政府建立了一套完备的管理机构，包括巡茶御史、茶课司、茶马司、茶局、茶转运司等，分别负责管理茶叶的征收、加工、储运和茶马交易等，其中茶马司主要设在当时的甘青藏族地区，是主持茶马贸易最主要的管理机构。
从《明史》、《明会典》等史籍记载来看，自1371年（洪武四年）始，明朝在甘青“西番诸卫”先后设置的茶马司有秦州茶马司、河州茶马司、西宁茶马司、洮州茶马司、岷州茶马司、甘州茶马司、庄浪茶马司等。
茶马司初设时，设司令、司丞各一人，令为正六品，丞为正七品。1382年（洪武十五年），改设大使、副大使各一人，大使为正九品，副大使为从九品，掌市马之事。成化以后，设监收（牧）厅一员，大使官一员。茶马司在中央由兵部统领，在地方由各司所在的卫、府、行都司管辖。
茶马司用于易马的茶叶则由“军夫管运”。“运茶军夫，四川、陕西都、布二司各委堂上官管运，四川军民运赴陕西接界去处，交与陕西军夫，转运各茶马司收。”这种运输方式一直沿用至金牌信符制被废止的正统末年。洪武年间在陕西境内设有骆驼巷梢子堡、高桥火钻峪、伏羌、宁远四个茶运所。茶运所下设十一站，“自汉中府至徽州过连云栈，俱系递运所转行。徽州至巩昌府，中间经过骆驼巷、高桥、伏羌、宁远，各地方偏僻，原无衙门，添设四茶运所官吏管领，通计一十一站，每处设茶夫一百名”。“巩昌府至三茶马司，复由递运所三路分运，计三十站，每处设茶夫三十名。”
“当是时，帝绸缪边防，用茶易马，固番人心，且以强中国。尝谓户部尚书郁新："用陕西汉中茶三百万斤，可得马三万匹，四川松、茂茶如之。贩鬻之禁，不可不严。’以故遣佥都御史邓文铿等察川、陕私茶；驸马都尉欧阳伦以私茶坐死。又制金牌信符，命曹国公李景隆赍入番，与诸番要约，篆文上曰"皇帝圣旨’，左曰"合当差发’，右曰"不信者斩’。凡四十一面：洮州火把藏思囊日等族牌四面，纳马三千五十匹；河州必里卫西番二十九族牌二十一面，纳马七千七百五匹；西宁曲先、阿端、罕东、安定四卫、巴哇、申中、申藏等族牌十六面，纳马三千五十匹。下号金牌降诸番，上号藏内府以为契，三岁一遣官合符。其通道有二，一出河州，一出碉门，运茶五十余万斤，获马万三千八百匹。太祖之驭番如此。”
实际上，明初在藏族地区的茶马贸易形式有一个从“市马”到“中马”，再到推行金牌信符制的发展过程。“"金牌信符制’是明王朝对茶马贸易达到完全垄断的重要举措。”金牌信符制的推行始于1393年（洪武二十六年），是年二月，朱元璋派曹国公李景隆到“西凉、永昌、甘肃山丹、西宁、临洮、河州、洮州、岷州、巩昌缘边诸番，颁给金铜信符。谕各族部落曰："往者朝廷或有所需于尔，必以茶货酬之，未尝暴有征也。近闻边将无状，多假朝命扰害尔等，使不获宁居。今特制金铜信符，族颁一符。遇有使者征发，比对相合，始许承命。否者，械至京师，罪之’”。可见，推行金牌信符制的主旨是为了整顿当时“边将无状，多假朝命扰害”诸番的时弊。如上所述，“下号金牌降诸番，上号藏内府以为契，三岁一遣官合符”，“比对相合，始许承命”。这种“比对”、“合符”的管理方式颇类于兵符的管理，其管理运行可谓严密，而这一切都出于明朝“以茶驭番”的政治需要。正如朱元璋所言：“朕岂为利哉？制驭夷狄不得不然也。”为此，朱元璋甚至对朵甘、乌斯藏贡使贩运私茶也予以宽容。1397年（洪武三十年）八月，“兰州奏："朵甘、乌思藏使臣以私茶出境，守关者执之，请置于法。’上曰："禁令以防关吏及贩鬻者，其远人将以自用，一时冒禁，勿论’”。这似乎与朱元璋因私茶斩驸马都尉欧阳伦之例大相径庭，而这恰恰是朱元璋为“以茶驭番”做出的一种政治姿态。严密的金牌信符制又辅以这种“冒禁勿论”的政治感召，使西番诸族“纳马”成为“尊朝廷体统”之大事，即所谓“金牌之制，名曰差发，所以尊朝廷体统”。诸番因之各分部落，“随所指拨地方，安置住扎，授之官秩，联络相承，以马为科差，以茶为酬价，使知虽远外小夷，皆王官王民，志向中国，不敢背叛。……用中国之茶，真是以系番人之心，而制其命”。
由此可见，金牌信符制下，藏族纳马具有强烈的政府征购色彩，将其名为“差发”，“如田之有赋，身之有庸，必不可少”。这表明明朝从主观上把“差发中马”纳入国家常赋的轨道。“差发”既是一种汉藏茶马贸易活动，又带有纳马藏族向明朝中央政府缴纳赋税的双重性质。
二、官营茶马制度的调整与汉藏茶马互市的发展
明朝中后期，推行于西番诸卫的金牌信符制度受到严重破坏，特别是随着蒙古入据青海，纳马番族多为蒙古控制。
1449年（正统十四年）七月，蒙古瓦剌部首领也先犯大同，分兵扰辽东、宣府、甘肃，明英宗亲征，结果在土木堡被瓦剌军所破，英宗被俘，史称“土木堡之变”。当时因各路勤王军赴陕甘，陕西军民转输军饷，无暇运茶。同时，有些纳马番族“为北狄所侵掠，徙居内陆，金牌散失。”迫于这种形势，明朝政府不得不“诏停西番金牌”。自此后直到成化初年，明朝对甘青等地西番诸族的茶马互市“听其以马入贡而已”。
1466年（成化二年）八月，“兵部以调发缺马”上奏明宪宗恢复在甘青藏族地区的茶马互市旧制，称：“陕西各边屡奏缺马，访得西宁至甘州番簇多产马之地，彼所缺者茶与青稞。若与互市，则善马一匹，不过用茶百斤，青稞十五石。以银计之，所费五六两。价值既轻，较之京师关领又免路途瘦损。今宜查取陕西官茶，就彼互市。”1470年（成化六年），巡抚甘肃右佥都御史徐廷章针对“茶马司现茶不满千斤”的境况，“乞敕所司通查出茶州县山场，定其则例，听民采取，俱运赴西宁官库收贮，换易番马。……其民间所采茶除税官外，余皆许给文凭，于陕西腹里货卖；有私越黄河及河、洮、岷边境通番易马者，究问如律”。除禁止“通番易马”外，允许私人在陕西腹里贩卖茶叶，明朝茶叶官营体制由此开始松动。1482年（成化十八年），因陕西救荒，巡抚陕西右副都御史阮勤奏称：“陕西官民所趋利者，莫过于茶。乞暂宽其禁，于巩昌、西安二府各许中茶四十万斤，临洮、平凉、凤翔三府各许中茶二十万斤。其临、巩二府至西宁卖者，每斤纳杂粮八升，至河州卖者，每斤六升。西安、平凉、凤翔三府赴西宁卖者，每斤杂粮一斗，赴河州卖者，每斤八升。各府给予文凭，赴巡茶御史挂号，听于产茶处收买。”这种“纳粮中茶”之举，使商贾纳粮解决政府救荒之急，而商贾贩茶至西宁等藏族地区则由此变为合法。
“纳粮中茶”之策，一方面缓解了陕西赈饥救荒问题，另一方面因大量"私茶’运抵边关，导致各茶马司的官茶贮量急剧减少。1490年（弘治三年）七月，监察御史李鸾奏称：“西宁等三茶马司，为贮茶以易番马而设。比年以赈饥故，开茶易粟。其为民则便矣，而茶马司所积渐少。今各边马耗，而诸郡岁稔无事于易粟以赈，请于西宁、河西二茶马司各开报茶四十万斤，洮州茶马司二十四万斤，召商中纳。每引不过百斤，每商不过三千斤，官收其十之四，余者听其货卖。总之，可得茶四十万斤，约易马可得四千匹。”明廷采纳李鸾的建议，实行“召商中茶”政策，“令陕西巡抚并布政司出榜招中，给引赴巡茶御史处挂号，于产茶地方收买茶斤，运赴原定茶马司，以十分为率，六分听其货卖，四分验收入官。”所谓“六分听其货卖”，即允许茶商将其所运茶货的60%作为私茶自由销售，从而使民营茶马贸易具有了合法性。因此，“召商中茶”在解决官茶运输、增加官茶贮量的同时，也助长了民营茶马贸易的发展，并对官营茶马贸易正常运行构成很大威胁。鉴于此，1499年（弘治十二年），监察御史王宪奏言：“国家于河州等处设茶马司，收茶以易番马，大得制御之道。比来抚臣建议，从权开中粮茶，遂令私茶难禁而易马不利。今关辅岁稍稔，而粮茶未见其益，只见其弊，请自今停粮茶之例。异时或有兵荒，当更图之。”明孝宗遂以“粮茶既有误易马”，下令停止。其后，明孝宗于1502年（弘治十五年）十二月任命杨一清为都察院左副都御史，“督理陕西马政”，并赐予敕命曰：“陕西设立寺监衙门，职专牧马，先年边防所用马匹，全藉于此，近来官不得人，马政废弛殆尽，今特命尔前去后（彼）处督同行太仆寺、苑马寺官专理马政。……其西宁等处各茶马司，茶易番马甚济国用，近来亦渐亏耗，今并以付尔，尔须二（一）新旧规，务令茶课充盈，私贩息绝，番人乐归，官市番马实充厩牧。”
杨一清受命后，即亲赴西宁、洮州等卫和各族番夷进行察考，认为茶法、马政之破坏缘于金牌制度的废置和私茶的兴贩，因而提出复金牌之制、专巡禁之官、严私贩之禁等改革主张。概括来说，杨一清对官营茶马制度的改革，就是将“召商中茶”法经变通，改为“召商买茶”。杨一清称：“此与开中商茶不同，开中商茶，其利在商，未免阻坏茶马；招商买茶，其利在官，专为易马之资。”由此可见，二者有着根本的区别，“在召商中茶条件下，茶商将茶叶运抵茶马司后，朝廷允许其将一部分自由贩卖，从而助长了民间茶马贸易，冲击了官营茶马贸易；而在召商买茶条件下，茶商将茶叶运抵茶马司后，由茶马司全额收购，不许茶商自由贩卖；作为补偿，官方给其价银，这样，便在一定程上扼制了民间茶马贸易，维护了官营茶马贸易的垄断地位。”这样，商人就必须压低在产茶地的收购价、降低运输成本，才能有利可图，“召商买茶”制才能实行。但是，茶马贸易的价格由于受市场供求关系的变化而不断变动，政府经销茶叶因其内在弊端，不能适应市场需求而导致亏损，茶马司给付商人的茶价难以得到稳定的维持，使商人利益受到严重损害，因而出现“商人不愿领价”的现象。鉴于此，明朝政府又采纳杨一清建议：“商人不愿领价者，以半与商，令自卖，遂著为例永行焉。”这样，“召商买茶”又回到“召商中茶”的老路上去了。“由于"召商买茶’制的"官卖茶’失败，最终导致了商人"自卖茶’的实行”，“于是明初严密的茶叶专卖制度逐渐向民间采茶、商人运销转型，最终形成民间茶叶贸易的市场结构。”这种以商人为中心的民间茶马贸易，明朝官方总称为“私茶”。“它由暗到明，从小到大，随着茶法的废弛，终于取代官办贸易，成为明代中后期内陆与西藏及其他西藏贸易的基本形式。”
总体来看，明朝中央政府垄断的茶马互市和朝贡通过官方和商人及其他民间贸易等多种渠道，将内陆的茶叶、丝绸、布匹等输入到青海藏族地区，又将藏族地区的马牛、药材及“红缨”等输入到内陆，由此沟通和密切了藏汉民族间的经济联系，更重要的是明朝在政治上赢得了藏族的归心，正如明臣梁材所说：“国家设立三茶马司，收茶易马，虽所以供边军征战之用，实所以系番人归向之心。”
第四节 藏传佛教格鲁派的盛行
明朝对藏传佛教采取“多封众建”政策，利用藏传佛教上层来加强对藏族的统治。明朝所敕封的法王、西天佛子、大国师、国师、禅师、都纲、喇嘛等各级僧官，纷纷致力于各自教派的弘扬，使明代青海藏传佛教迎来了一个大发展时代，“由是形域势区，尽为番僧所据。”“其各番族，各有归附，寺院俨同部落。”
一、宗喀巴创立格鲁派
明代对藏传佛教的大力支持，使僧人社会地位日益提高，并得到免税、免差役等种种特权，从而导致藏传佛教内部的缺点日益增多，其中最突出的便是戒律的松弛。面对藏传佛教戒律松弛现象，宗喀巴遂于1400年（建文二年）开始倡导整饬改革藏传佛教。
“宗喀巴大师降世时藏传佛教正处于一个衰败的年代，僧侣戒行不严，教风不正，思想混乱。大师以大智大勇肩负起了改革和振兴佛教的历史使命。除了力挽狂澜、大刀阔斧地从教义理论上进行正本清源、拨乱反正外，还在整顿戒律，整顿教风，建立学院式的寺院，加强经学正规教育，培养戒律严明、兼通显密教理的知识型的僧侣队伍方面做出了具有深远意义的贡献。”宗喀巴大师的宗教改革“以严格僧人的宗教生活为其根本教旨”。
宗喀巴，法名罗桑札巴，是藏传佛教格鲁派创始人。于1357年（藏历第六饶迥阴火鸡年，元至正十七年）十月二十五日诞生在今青海省湟中县鲁沙尔镇塔尔寺所在的地方。父亲鲁本格，属当地藏族隆本族默氏家族，相传是元朝末年的一位达鲁花赤；母亲香萨阿切，生有子女六人，宗喀巴排行第四。在宗喀巴诞生时剪断脐带滴血之处长出一棵栴檀树，树上长有十万片树叶，每片树叶上有自然形成的一尊狮子吼佛像，因而该地被称为“衮本”（意为“十万佛身”）。后来，宗喀巴的母亲依照宗喀巴之意愿以这棵栴檀树为轴心建起一座佛塔，成为塔尔寺最初的缘起，此塔即今塔尔寺大金瓦殿的大银塔。
宗喀巴降生后，正在附近曲噶尔静房（今湟中县上新庄镇静房村）修持的曲结顿珠仁钦大师（1309~1385年）亲往祝贺，善结法缘。1359年（元至正十九年），噶玛噶举派黑帽系第四世噶玛巴若贝多杰因元顺帝召请进京，途中路过青海，驻锡在今平安县境的夏宗寺。宗喀巴的父亲带着时年3岁的宗喀巴前往夏宗寺拜见若贝多杰，若贝多杰给宗喀巴授近事戒，取名衮噶宁布（遍喜藏），正式皈依佛教。随后又前往今化隆县境的夏琼寺，拜曲结顿珠仁钦为师，习读藏文和佛典，6岁时受密法灌顶，取密号顿月多杰（不空金刚）。7岁时，在夏琼寺曲结顿珠仁钦座前正式剃发出家，并受沙弥戒，取法名罗桑扎巴（善慧）。之后，学习显密诸法九年，在佛学和藏族文化知识方面打下了坚实的基础。
1374年（洪武五年），时年16岁的宗喀巴，为了在佛学上有进一步的深造，奉师命前往西藏学法。宗喀巴离乡南下，经过昌都，第二年抵达止贡替寺，从止贡京俄仁波切却吉加布听受“那若六法”等。而后又到聂塘代瓦金寺，师从格贵·益希僧格（该寺主持）、云丹嘉措、邬金巴等，学习“慈氏五论”等显宗经典两年。之后游学夏鲁、萨迦、那塘、桑浦等前后藏诸多寺院，拜谒各派高僧大德，兼听深研，学习般若、俱舍、中论等显密佛典。在萨迦派高僧仁达瓦·循奴罗哲（1352~1416年）座前听受《俱舍论》、《入中论》等。1381年（洪武十四年），宗喀巴25岁时，在雅隆地区的南杰拉康寺从楚臣仁钦受比丘戒，标志着他已完成佛教显宗经典的全部学习教程。然而他仍拜师求教，勤奋学修，并在1385年至1392年（洪武十八年至洪武二十五年）间广学密乘经典，完成密法修习。
经过长期的求学修习，宗喀巴终于博通显密，成为一代名僧，声名远播。“他不但通达内明、因明、声明、医方明等，颇有造诣，且广求多闻各派典籍，对萨迦派的道果法和噶举派的大手印、那若六法等均作过深入的学习和研究。从洪武二十六年（1393年）至建文元年（1399年），宗喀巴又从噶当派的教授派传人南喀坚赞、教典派传人曲加桑布等学习噶当派教义，苦读阿底峡尊者的《菩提道灯论》及其各种释本，学习噶当派的《圣教次第论》，以及佛护的《中论释》等，全面继承由阿底峡所传述的龙树的大乘佛教中观学派缘起性空思想，抉择月称的中观应成派与清辨的中观自续派的差别要义。在此基础上，他发展噶丹派教义，以中观为正宗，月称为依止，以噶当派教义为立说之本，综合大小乘各派显密教法，结合自己的见解，以实践和修证为主，形成了自己的思想体系。”
宗喀巴大师弘法之时，适逢藏地佛法渐趋颓废。“彼时藏中一般学人，大多把显密二乘看成相违，如同水火，乐显乘者不重密乘，喜密法者不齿显教。”尤其是很多僧人“舍弃了所承许的三昧耶和戒律。虽声言在学密宗道，而实际是大开难以忍受的恶趣之门”。鉴于这种境况，宗喀巴大师为力挽颓风，倡导戒律是佛教之根本，认为大乘人和学密宗道的人们“当如爱护眼珠般”守护“所承许的三昧耶和戒律”，应“宁舍身命，不犯戒律”。“他向弟子和信徒授法，常以树根喻戒律，说明根深才能叶茂，守戒方能兴佛的道理，自己一切言行、衣食行住，皆依律而行，以身作则。”大约从1388年（洪武二十一年）开始，宗喀巴改戴称为“班霞”的尖顶黄色僧帽，以此表示继承和遵行喀且班钦·释迦室利所传的印度部派佛教中说一切有部戒律传承的态度。1402年（建文四年），宗喀巴应邀参加艾寺的坐夏法会，其间为僧众讲授《律经》，并与至尊仁达瓦和大译师加却贝桑斟酌《戒律本论》十七事的规定，考虑当时藏传佛教的实际状况，重新制定切实可行的寺规戒条。当时坐夏共住的600余僧人，“诸事悉遵照新订规条执行”。这是宗喀巴整饬戒律的一次重大举措，其宗教改革也自此正式开始。
之后，宗喀巴与加却贝桑回到热振寺，开始撰写一系列佛学著作，阐明自己的佛学思想，其中，《菩提道次第广论》和《密宗道次第广论》两书影响最为深远。“《菩提道次第广论》、《密宗道次第广论》，是他对显教、密宗的系统论述，合起来正好代表宗喀巴对佛教的整个看法，也就是他自己的思想体系。”为号召僧人遵行戒律以及如何遵行戒律，他又写成《菩萨戒品释》、《侍师五十颂释》、《密宗十四根本戒释》等重要著作，并广为宣讲，大力提倡僧人严守戒律，注重学修次第。在学修次第上，主张按部就班，循序渐进，先显后密，显密双修，制定出一套严整有序的学经修习制度。宗喀巴大师一生著述众多，后被集成《宗喀巴全集》传世，青海塔尔寺藏文木刻本《宗喀巴全集》凡19函，177种。在著书立说的同时，宗喀巴还开展了以“四大佛事”为代表的大量佛事活动，作为他宗教生活和宗教改革的重要内容。
由于宗喀巴的佛学思想和宗教改革主张切中当时藏传佛教界的时弊，因而得到藏族社会和藏传佛教界的广泛支持和拥护，尤其得到了当时西藏帕竹政权统治集团的大力支持。1409年（永乐七年）正月，宗喀巴在被明朝册封为阐化王的札巴坚赞等人的资助下，在拉萨大昭寺发起有近万人参加的纪念释迦牟尼的正月祈愿大法会，藏语称“摩兰钦毛”。祈愿大法会结束后，宗喀巴派弟子达玛仁钦等前往拉萨东30里的旺古尔山兴建甘丹寺，作为格鲁派的根本道场。这次正月祈愿大法会和甘丹寺的建立，标志着格鲁派正式创立。
宗喀巴及其创立的格鲁派的影响不断扩大，遂引起明朝的高度重视。1408年（永乐六年），明成祖派使者召请宗喀巴进京，当时宗喀巴因忙于筹备祈愿大法会而不能脱身，上表呈奏原委，婉辞谢绝召请。1414年（永乐十二年），明成祖再次遣使携带诏书和礼品，迎请宗喀巴进京。宗喀巴因大病初愈，同时又考虑到初创的格鲁派需要明朝的支持，遂又致信明成祖请求对其不能应召进京予以谅解，遣其弟子释迦也失（1352~1435年）代表自己进京。1415年（永乐十三年），明成祖封释迦也失为“西天佛子大国师”，于是宗喀巴又成为明朝所封的大国师之师，从而使格鲁派与明王朝建立起密切的联系。
1415年（永乐十三年），宗喀巴弟子绛央曲杰扎西贝丹奉师命在拉萨西郊兴建哲蚌寺；1419年（永乐十七年），释迦也失利用明王朝的大批赐物在拉萨北郊建色拉寺。宗喀巴先后亲自为两寺开光。哲蚌寺、色拉寺与甘丹寺被称为拉萨三大寺，由此奠定了格鲁派此后发展的稳固基础。甘丹寺建成后，宗喀巴亲任甘丹寺座主，称为“甘丹赤巴”。“甘丹赤巴”是格鲁派的最高僧职，享有殊荣。1419年（永乐十七年）藏历十月下旬，宗喀巴大师染疾，向弟子达玛仁钦赐自己的衣帽委任为第二任甘丹赤巴，作为格鲁派代理人，达玛仁钦故被称为“贾曹杰”。同年十月二十五日晨，宗喀巴大师于甘丹寺圆寂，终年63岁。宗喀巴大师被誉为“第二佛陀”、“文殊再世”和“雪域智者的顶饰”，受到藏传佛教界的普遍敬仰，每年以藏历十月二十五日宗喀巴忌辰为燃灯节。宗喀巴圆寂后，他的几位著名弟子采用最早由噶玛噶举派黑帽系所创的活佛转世制度。在宗喀巴的众多弟子转世系统中，影响最大的就是达赖和班禅两大活佛转世系统。
继拉萨三大寺后，宗喀巴弟子格敦朱巴于1447年在日喀则建立札什伦布寺；1577年（万历五年）仁钦宗哲嘉措在宗喀巴诞生地建立塔尔寺；1710年（康熙四十九年）嘉木样协贝多杰建成拉卜楞寺，成为格鲁派的“六大丛林”。格鲁派即以此“六大丛林”为基础，建立起一个体系庞大的寺院集团和僧人集团，其影响迅速遍及整个藏族地区及其周边的蒙古族、土族等地区。“随着大寺院组织诞生，贵族消灭了，在贵族的废墟上，宗教领袖们的威望无阻碍地上升起来。”
二、格鲁派在青海的传播和发展
格鲁派显密兼修和严格学修次第的宗规，一改当时藏传佛教显密相违的种种时弊，同时，打破教派与地域界限，与各教派和各地不同领主广泛联系，因而受到藏族社会各方和各教派的普遍敬重和拥护，使格鲁派得到迅速发展，传播到广大藏族地区。
早在宗喀巴大师创立教派之时，其弟子就在青海活动，传播格鲁派。《安多政教史》载，1402年（建文四年，藏历水马年）宗喀巴的亲传弟子敦木宗·喜饶坚赞建成今青海循化文都寺。这比作为格鲁派创立标志的1409年（永乐七年）正月举办的拉萨祈愿大法会和甘丹寺的修建要早7年。
宗喀巴大师的另一亲传弟子向·喇嘛曲吉嘉波在任明朝耶王的帝师时在今青海民和建喀底喀寺，又在凉州地方修建了多座寺院，并在西藏为宗摩蔡寺奠基。宗喀巴大师曾高度赞誉其弘法业绩，称：“多麦这块大地区，人天最佳之福田。"恪守能仁之律仪，兴修弘法之基地，五大阿练若道场，彼师善妙创建起。’教谕之书到达时，意绪高兴而激荡，心中产生稀奇想。”赞誉他是“护持正法贤佛子，贡巴饶赛之首徒”。向·喇嘛曲吉嘉波任明朝帝师一事，尚有疑问。明时没有封藏传佛教喇嘛为帝师的制度，《安多政教史》可能根据流传而记载。但向·喇嘛曲吉嘉波是宗喀巴大师弟子中“作为人主顶庄严的两位帝师之一”。据《如意宝树史》记载，宗喀巴大师众弟子中有“人主顶饰庄严三帝师弟子”，他们是“帝师大慈法王释迦也失、由汉地益旺王奉为帝师的绛达玛帝师和帝师朵麦巴·勒巴桑布”。此处的“绛达玛”即向·喇嘛曲吉嘉波，其“帝师”的含义是“被皇帝奉为上师”，与元朝封的帝师不尽相同。第巴·桑结嘉措的《黄琉璃论》中说：“汉皇胡玛吾碌曾封仲钦曲结为大国师并赐拨建寺地址。第三世达赖喇嘛索南嘉措曾到该处加特寺址并给依怙殿做开光仪轨，指示索南则摩大国师，按色拉寺吉尊巴的教程展开讲辩闻听”。从上述记载看，喀底喀寺的创建者有多种说法，“但有一共同点，即创建者可能是宗喀巴弟子，经法高深，被明朝皇帝奉为上师，或封为国师，约于明永乐年间建成卡地喀寺”。寺内珍藏有相传是宗喀巴大师亲自绘制的一幅自画像，为该寺主供像。喀底喀寺以此缘由而闻名遐迩。向·喇嘛曲吉嘉波建立喀底喀寺等五座寺院后，宗喀巴大师即写信指示：“建立的五伽蓝，须根据其性质，依极其纯正的教典建立闻思等，并设法使其增盛发展，使其声誉遍于各处。”
1414年（永乐十二年），受明成祖之邀，释迦也失代表宗喀巴大师，取道青海前往北京，一路上广泛传播格鲁派教义。到京时，正值皇帝身染重病，经他“设法施治，并予灌顶，帝即痊愈”。后在京城御花园旁建法渊寺，“广衍黄教修行之法”。翌年，明成祖敕封释迦也失为“妙觉圆通慈慧普庆辅国显教灌顶弘善西天佛子大国师”，并赐给印诰。1433年（宣德八年），释迦也失第二次进京觐见明朝皇帝，被册封为“万行妙明真如上胜清净般若弘照普应辅国显教至善大慈法王西天正觉如来自在大圆通佛”，简称“大慈法王”，藏语作“绛钦曲结”。此次进京，释迦也失途经今青海民和县转导乡的宗摩卡地方时，授记弟子释迦崔臣在此建一寺院，并取名“丹曲塔尔林”，意为“圣法解脱洲”。1435年（宣德十年），释迦也失在北京圆寂，其弟子索南喜饶和僧格桑布等奉明宣宗之命，将释迦也失遗体送往西藏。而当灵车抵达宗摩卡（犏牛城）地方时，不能前行，遂在丹曲塔尔林修灵塔供奉。1442年（正统七年）八月，明英宗敕谕河州、西宁等处：“朕惟佛氏之道，以空寂为宗，以普度为用，西土之人，久事崇信。今以黑城子厂房地赐大慈法王释迦也失盖造佛寺，赐名"弘化’，颁敕护持，本寺田地山场园林财产孳畜之类，所在官军人等，不许侵占骚扰侮慢。若非本寺原有田地山场等项，亦不许因而侵占扰害。军民敢有不遵命者，必论之以法。”成化九年，大慈恩寺崇化大应法王札什（巴）奏：“陕西弘化寺乃至善大慈法王塔院，岁久损坏，乞敕镇守等官修筑城堡，如瞿昙寺制。”明宪宗允之。
与宗喀巴弟子广建格鲁派寺院之同时，青海河湟地区的藏传佛教其他教派的一些寺院相继改宗格鲁派，如夏琼寺、丹斗寺、白马寺等。这一时期，受宗喀巴大师及其弟子的宗教影响，玉树地区的一些其他教派寺院也改宗格鲁派，较著名的有拉布寺、嘎拉寺等。从格鲁派在青海传播的历史看，由于地理和交通条件的关系，青海的早期格鲁派寺院主要分布在东部河湟地区和玉树地区。“玉树地区毗连康藏，从而为一些寺院的改宗提供了条件；青海东部地区是西藏高僧取道青海通往内陆的必经之道，且气候相对温和，自然环境较优越，从而使格鲁派从这里传播开来。”之后，格鲁派在青海的更大发展则与三世达赖喇嘛索南嘉措（1543~1588年）的弘法活动密切相关。
随着格鲁派的迅速发展，逐渐形成了一个新兴的寺院集团势力，并日益扩大，随之与噶玛噶举等其他教派间的矛盾和斗争也不断加剧。特别是仁蚌巴担任帕竹第悉期间，曾下令从1498年（弘治十一年）起禁止格鲁派色拉、哲蚌、甘丹三大寺僧人参加拉萨正月祈愿大法会，其后将近20年间，拉萨正月祈愿大法会由拉萨附近的噶举派、萨迦派僧人举行。到16世纪中，帕竹政权内部分裂，其属下辛厦巴推翻仁蚌巴，成为西藏政治舞台的主角，史称藏巴汗。藏巴汗联合噶玛噶举派红帽系，竭力压制新兴的格鲁派。第三世达赖喇嘛索南嘉措时，格鲁派与藏巴汗和噶玛噶举派的斗争日趋激烈，处于危境的格鲁派被迫寻求蒙古的支持。
明朝正德（1506~1521年）初年，东蒙古亦不剌、卜儿孩等部相继进据青海，时称“海部”、“海虏”等。之后，达延汗之孙俺答汗（阿勒坦汗）继土默特汗，在进攻漠西卫拉特蒙古失败后，又用兵青海。一方面征讨亦不剌、卜儿孩等部，另一方面则向青海拓展领地。在第二次用兵青海时，因阿哩克喇嘛（蒙文As-ing lam-a.，译作“阿兴喇嘛”）向其解说佛教的因果轮回等教义，遂信奉格鲁派。又有佐盖阿桑喇嘛向他介绍三世达赖喇嘛的身语意功德，俺答汗因之对三世达赖喇嘛产生敬仰之心。从当时的历史背景看，俺答汗改信格鲁派，是有其政治目的的，“当他武力控制青海广大藏族地区后，为了立脚，转而与青海各藏族部落加强联系，鉴于西藏佛教在藏族人民中的影响，极力与西藏佛教界建立关系，这是历来统治者文武兼治的统治手段”。
1574年（万历二年），俺答汗派遣以那则吾为首的使团前往西藏邀请三世达赖喇嘛索南嘉措。索南嘉措在哲蚌寺接见了来使，同时详细协商了赴青海的有关事宜，并派戒律师宗哲桑布先到青海，与俺答汗接头。双方共议之后，俺答汗“建寺庙于青海之察卜齐雅勒地方”。寺庙建成后，俺答汗又多次派使团进藏迎请索南嘉措。索南嘉措遂于1577年十一月从哲蚌寺起程，于1578年（万历六年）进入青海境内，渡通天河到达今青海玉树的年措冬地方，当地的僧俗大众聚集，奉献以三千两黄金为主的盛大供养。索南嘉措讲经弘法，并为近千人传授比丘戒律。当年五月十五日，索南嘉措在俺答汗先后派出的三批接应者沿途迎接下，到达青海湖畔的俺答汗驻地恰卜恰。
索南嘉措到达恰卜恰时，受到俺答汗盛情而隆重的欢迎，并举行十万人参加的盛大集会，俺答汗向索南嘉措敬献金银、绸缎和骏马等大量礼品。随后，又举行了仰华寺开光典礼。在集会上，俺答汗颁布法令，规定归信藏传佛教格鲁派，禁止蒙古原来的萨满信仰。
俺答汗将索南嘉措称作八思巴的化身，赠予“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号，并赠给用黄金百两制成的金印一颗，印文为新蒙文“金刚持达赖喇嘛之印”，配以银制印盒。“瓦齐尔达喇”是梵文“金刚持”之音译，“达赖”是蒙语“大海”之意，“喇嘛”是藏语“上师”之意。索南嘉措将俺答汗称作忽必烈的转世，赠尊号为“梵天大力咱克喇瓦尔第彻辰法王”。索南嘉措还被俺答汗迎请到新建的仰华寺法座上，仿效吐蕃王朝“七觉士”剃度出家故事，剃度以黄金家族巴雅兀特台吉之子为首的三家王族子弟108人出家，并派人到拉萨三大寺送去熬茶的布施。索南嘉措与俺答汗结成政教联盟，成为格鲁派发展史上的一个新的历史转折点。此后，由于有蒙古势力的支持，格鲁派在青海蒙藏地区的发展步入了一个全新的历史时期，塔尔寺、佑宁寺、郭莽寺等一批格鲁派寺院建立了起来，同时，河湟地区的夏琼寺、隆务寺、西纳寺、扎藏寺及玉树地区的让娘寺、夏日寺等许多噶当、萨迦等教派的寺院也纷纷改宗格鲁派。
索南嘉措在青海的活动很快引起明朝的关注。当时，明朝正为俺答汗入据青海，时常侵扰明朝边郡，深感不安，听说俺答汗对索南嘉措非常尊重，言听计从，遂于1578年（万历六年）命甘肃巡抚侯东莱差人到青海请索南嘉措到甘肃会晤，让索南嘉措劝说俺答汗返回内蒙古。这年冬天，索南嘉措应邀前往甘州（张掖）与侯东莱会晤。期间，索南嘉措在甘州城讲经传法，并剃度100人出家。十二月初又致信明朝宰相张居正，信中表示：按照明朝吩咐，劝俺答汗返回。年底，索南嘉措从甘州返回仰华寺。第二年夏天，俺答汗听从索南嘉措劝告，返回土默特本部。为此，“农历八月，明朝万历皇帝派三个大臣持"所有地面的保佑者’的封诰印信来措卡拜见达赖，献衣服三套及金银、绸缎、宫内用器等。信中说："朕所属蒙古四十部和甘州二唐诸臣之意悉得满足，甚好，朕将请足下到朝廷。’并封其襄佐（管家）为国师，亦赐印信”。由此，索南嘉措与明朝中央正式建立联系。
俺答汗东返后，三世达赖索南嘉措则从青海辗转南下，到四川、西康等地，继续其政教活动。1580年（万历八年）五月，在四川理塘主持建成理塘大寺。之后往马尔康、昌都等地。1582年（万历十年），俺答汗去世。遵照俺答汗遗嘱，三娘子和俺答汗长子派使臣往昌都迎请索南嘉措去内蒙古为俺答汗做法事。索南嘉措接受邀请，即从昌都动身赶往内蒙古。但索南嘉措此行，却没有直接前往内蒙古，在途经青海等地时兜了一个大圈。1583年（万历十一年）春，索南嘉措从措卡到今湟中县的塔尔寺，再从塔尔寺去今化隆县的夏琼寺、丹斗寺，再向东经过今民和县转导乡的弘化寺到甘肃永靖县的炳灵寺，从炳灵寺渡黄河到临洮。1584年（万历十二年）从临洮又返回青海宗喀地区，再向北到华热地区，在途经今佑宁寺所在的哲加时，预言建寺。又到今门源县仙米等地，后从仙米返回措卡，大约直到这年底方才离开措卡前往内蒙古。1585年（万历十三年），索南嘉措在鄂尔多斯西拉乌苏河岸会见蒙古诸王公，曾调停三个蒙古部落间的战争。次年到达归化（今呼和浩特），会见僧格都固棱汗，为俺答汗举行隆重的祈祷仪式，并在归化城建锡热图召寺。1588年（万历十六年）因顺义王奢力克请求，明朝派专使到内蒙古正式册封索南嘉措为“朵儿只唱”。“朵儿只唱”即俺答汗赠给索南嘉措的尊号中“瓦齐尔达喇”的藏语译音，意为“金刚持”。“明朝封授索南嘉错这一名号，是对俺达汗所赠尊号的一种认可。这是达赖喇嘛最早接受中央正式封号。在此期间，明朝官方文献中开始用"达赖’指称索南嘉错，对达赖称号予以事实上的承认。明朝封授索南嘉错为"朵儿只唱’和认可"达赖’称号，后为清朝继承和发展，形成册封达赖喇嘛之完整制度。”
随后，索南嘉措应邀进京，却不幸在内蒙古的卡欧吐密地方圆寂，终年46岁。
三世达赖喇嘛索南嘉措塑像
